En 1938, le cinéaste et peintre Ferdinand Earle met en chantier un film, Amor, retraçant l'histoire chrétienne première.
Il demande à Ermend Bonnal d'en composer la musique. Son Trio, interprété par les Pasquier, chez Pathé, avait reçu le grand prix du disque en 1939. Mais à cause de la guerre, le film de Earle ne peut se réaliser.
En 1942, Ermend Bonnal, comme certains de ses confrères (Maurice Duruflé, J. Langlais…), reçoit une commande de composition musicale par l'Académie des Beaux-Arts.
Cette commande inattendue est bienvenue au vu de la situation précaire de sa nombreuse famille. Il crée une symphonie avec choeur et introduit en partie médiane un extrait de la musique de film, qui peut aussi se jouer seule. Hélas, cette symphonie n'a jamais été exécutée.
En 1944, un disque est enregistré par Janine Michau et l’orchestre Colonne dirigé par Gaston Poulet, commandé par l’éditeur Bloud et Gay.
Le Ballet Basque qui était prêt (livret, musique, décors, danseurs), n'a pu être réalisé pendant l'occupation.
Ermend Bonnal refusa de donner une série de concerts qui lui était proposée en Allemagne.
Son poste d'inspecteur, qu'il conçoit comme un apostolat pour la musique, lui impose de nombreux déplacements en Province, dans des conditions difficiles qui l'éprouvent physiquement.
C'est au cours d'un de ces voyages, alors qu'il rencontrait le Quatuor Calvet à Saint Sever, qu'il meurt à Bordeaux le 14 août 1944.